はい。保管できます。

『勘定奉行』は、注文書・見積書など、仕訳伝票の起票に直接関係しない一般書類のファイル保管にも対応しています。
 [仕訳処理]−[証憑処理]−[証憑アップロード] メニューでアップロードし、書類のファイルに「日付」「金額」「取引先（支払先情報）」を登録します。（検索要件の確保）

【参考】
　　領収書・請求書・契約書など、仕訳伝票の起票に直接関係する重要書類のファイルとはフォルダを分けて運用することをおすすめします。