受給者番号とは、社内での管理番号です。
市町村が住民税の特別徴収税額を徴収義務者に通知する際に、受給者番号が記載されてきますので、そのまま社員情報の管理に利用できます。空欄でも問題ありません。
『給与奉行』・『法定調書奉行』では、[源泉徴収票]メニューの[条件設定-表示設定]ページで、受給者番号欄に表示する項目を選択できます。「受給者番号」を選択した場合は、[源泉徴収票]画面でF8[入力]キーを押すと、任意の番号が入力できます。