以下の２点の条件を満たしているか、ご確認ください。
1.[年末調整]-[給料等調整入力]-[給与等調整入力]メニューの、条件設定画面で設定している処理年が正しい。
2.[給料等調整入力]画面の[給料・賞与等調整情報]にある「その他」列に、金額を入力している。　

【参考】
　[給料等調整入力]メニューの[給料・賞与等調整情報]画面で入力した金額は、それぞれ以下の箇所に反映されます。
　・「給料・手当等」列に登録しているデータ
　　⇒ 源泉徴収簿など、年末調整の各メニューの「給料・手当等」欄に反映されます。
　・「賞与等」列に登録しているデータ
　　⇒ 源泉徴収簿など、年末調整の各メニューの「賞与等」欄に反映されます。
　・「その他」列に登録しているデータ
　　⇒ 源泉徴収簿など、年末調整の各メニューの「中途調整収入」欄に反映されます。